В новом продолжении истории Мадока оказывается втянута в искажённую реальность, где грань между волшебницами и ведьмами начинает стремительно исчезать. Хомура чувствует, что мир снова теряет устойчивость, и за этим стоит сила, нарушающая законы, созданные Мадокой. Девочки-волшебницы замечают, что их судьбы будто переписываются, а время закольцовывается по чьей-то невидимой воле. Поведение Кюбея становится пугающе намекающим, ведь именно он понимает масштабы надвигающейся катастрофы. В центре событий появляется новая ведьма, по силе сравнимая с Вальпургиевой ночью, но её происхождение окутано тайной. Хомура всё чаще сталкивается с изменёнными воспоминаниями и ощущением, что близкие скрывают от неё важную правду. Волшебницы вынуждены объединиться, понимая, что грядущая битва не гарантирует спасения никому из них. Магия становится нестабильной, превращаясь в силу, способную навредить даже её обладательницам. Мадоке предстоит сделать выбор, который либо укрепит новый порядок мира, либо разрушит его окончательно. И когда наступает ночь решающего столкновения, истинная угроза наконец раскрывается, обещая перевернуть всё, что девушки считали неизменным.