Трое друзей - Рита, Мишель и Йона - были самыми обычными детьми. Но всё изменилось, когда они предсказали величайшую катастрофу в истории человечества — падение на поверхность Земли огромной космической станции. Они спасли от гибели целый город, но не смогли сохранить своё детство и дружбу. Их прозвали Чудесными детьми и отдали военным учёным для опытов по изучению их суперспособностей. Но разлучило их не это, а обман и предательство. Тогда никто из них даже представить не мог, что через 20 лет судьба сведёт их вновь в глобальной космической битве, но по разные стороны конфликта.
Смогут ли любовь и дружба победить в звёздной войне? Или же былые чувства навеки сожжены шквальным огнём гигантских боевых роботов?
Прошло три года после возвращения «Ямато» с планеты Искандер. Земляне вернули свою планету с Космореверс и подписали мирный договор с Гамилусом. В дополнение был разработан новый оборонный флот, который включает в себя передовой броненосец «Андромеда». Несмотря на просьбы Старши, Земля идёт по пути военной экспансии. «Ямато» помогает достичь «мира», но его цена забирает слишком много жизней. Тем временем богиня Тереза, которая молится за спокойствие в космосе, призывает «Ямато» к новому плаванию. Угроза со стороны Гатлантиса охватывает всю вселенную и приближается к Земле.
Далекое будущее. Преступная корпорация Гайя стала злейшим врагом Земли, отобрав у людей все: свободу, дом, будущее. Казалось, что надежды на спасение нет, но, появился он — космический пират Харлок, капитан призрачного корабля «Аркадия». Беглец, готовый сражаться за Землю. Кто он — герой или преступник?