Однажды старшеклассница Хаясэ Нагаторо вместе со своими друзьями обнаружила рисунки Наото Хатиодзи. С тех пор она издевается над робким парнем, заставляя его делать всё, что ей нужно. Тем не менее, со временем Наото понимает, что он не ненавидит Хаясэ, и между ними возникает странная дружба.
События разворачиваются в параллельном мире после окончания первой арки «Инадзума 11» и рассказывают историю с точки зрения трёх главных героев — Рёхэя Хайзаки, Асуто Инамори и Юмы Носаки.
Группа ребят, живущих на острове, очень любит играть в футбол, но их футбольный клуб внезапно закрывают, и единственный способ вернуть его — выиграть «Футбольный рубеж».
Протагонист Асуто Инамори и его друзья покидают остров и отправляются в Токио, чтобы поступить в среднюю школу Раймон и испытать себя в «Футбольном рубеже». Но их первый матч — против главных претендентов на победу Академии Сэйшо.
Тэмма Мацукадзэ вступает в футбольную команду «Раймон», но во время матча понимает, что игра сильно отличается от его ожиданий — футбол в Японии контролируется организацией «Пятый Сектор», возглавляемой «Святым императором» Сюдзи Исидо. По его приказу решается — проигрывает ли команда матч или выигрывает. Вместе со своими товарищами Тэмма Мацукадзэ борется за свободный футбол, чтобы каждый мог играть без указаний.