Япония собирается отпраздновать крупнейший всемирный спортивный фестиваль в Токио. В то же время проходит приуроченная к открытию фестиваля церемония запуска первого в мире скоростного вакуумного поезда, объединяющего все последние японские технологии и развивающего скорость в 1000 км/ч, который должен проехать от станции Син-Нагоя до станции Сибахама в Токио. Зрители со всего мира следят за этими событиями, а в Токио собирается огромное количество иностранцев, однако на вечеринке для известных спонсоров происходит невероятное: один за другим исчезают ключевые менеджеры крупных кампаний. Конан приходит к выводу, что инцидент связан с похищениями пятнадцатилетней давности на церемонии открытия всемирного спортивный фестиваля в Бостоне…
Конан с друзьями идёт в новый Токийский аквариум. Там, под колесом обозрения, он замечает девушку с разноцветными глазами. Она не помнит ни своего имени, ни своего прошлого. Конан обещает помочь девушке и вернуть её воспоминания.
Синъити Кудо – известный сыщик, который многим японским преступникам испортил жизни, выведя их на чистую воду. Но и бандиты ему сильно насолили, они отравили детектива, из-за чего мужчина превратился в семилетнего мальчика. Он решил взять себе имя - Конан Эдогава и продолжить скрыто бороться с криминалом. Также Конан считает, что он сможет вернуть себя взрослый внешний вид, а пока он будет вести жизнь простого семилетнего мальчика. Но как отмечалось, в этой простой жизни будет место для невероятных расследований.
На военном судне «Эгида», являющемся прототипом реального корабля Министерства обороны Японии, обнаружен труп представителя сил самообороны. Есть предположение, что на корабль проник шпион. Конан берется за расследование.